A eletroforese em gel de agarose é a primeira escolha devido ao custo relativamente baixo e por poder ser armazenada e preservada por muito tempo.

A eletroforese em acetato de celulose é a melhor opção quando se tem amostras muito heterogêneas e em baixas concentrações.

A eletroforese de acetato de celulose só deve ser utilizada em casos mais específicos devido ao elevado custo operacional.

A eletroforese em gel de agarose pode conter agente desnaturante, o que facilita a separação das substâncias e é a melhor opção para avaliar proteínas em baixas concentrações.

A eletroforese em gel de poliacrilamida é a que apresenta melhor resultado para avaliação de proteínas com baixas concentrações.