No tratamento secundário, a etapa biológica prevalece, ocorrendo reações bioquímicas feitas pelos microrganismos, para realizar a transferência da matéria orgânica.

Nessa fase a remoção pode ser feita em unidades de sedimentação.

Nessa fase, o esgoto ainda contém sólidos em suspensão não grosseiros.

Esta etapa é composta por unidades de sedimentação.

Ocorre a remoção de poluentes tóxicos ou não biodegradáveis.