Na fase chamada “digestão ácida”, os microrganismos facultativos, na ausência de oxigênio dissolvido, transformam compostos orgânicos complexos em substâncias e compostos mais simples.

Na fase de digestão ácida, praticamente toda a DBO presente é reduzida.

Na fase chamada de “fermentação metânica ou alcalina, o pH sobe para até 7,2 ou 7,5, os maus odores desaparecem.

A alcalinidade do sistema aneróbio é responsável pelo efeito tampão, essencial para o controle do pH.