Conflito entre crenças pessoais e imparcialidade pedagógica: Os professores de ER frequentemente precisam ensinar sobre diversas religiões de maneira objetiva, o que pode ser desafiador se suas crenças pessoais interferirem na apresentação imparcial dos conteúdos.

Falta de recursos didáticos específicos: A Educação Religiosa muitas vezes carece de material didático apropriado e atualizado, o que dificulta a criação de aulas dinâmicas e informativas.

Resistência de pais e comunidade: Alguns pais e membros da comunidade podem resistir à inclusão da Educação Religiosa no currículo escolar, por acreditarem que essa disciplina não deve ser ensinada na escola.

Diversidade cultural e religiosa da turma: Em salas de aula cada vez mais multiculturais, os professores de ER enfrentam o desafio de abordar temas religiosos de maneira que respeite e inclua a diversidade de crenças dos alunos.