A estrutura do orçamento-programa dá ênfase aos aspectos contábeis e a estrutura do orçamento tradicional dá ênfase à questão administrativa e de planejamento.

No orçamento tradicional, o controle objetiva avaliar a legalidade no cumprimento orçamentário, e no orçamento-programa, o controle visa a avaliação da eficiência, eficácia e a efetividade das ações do governo.

No orçamento tradicional, o principal critério de classificação de despesa é o funcional-programático, e no orçamento-programa, o foco são as unidades administrativas.

O orçamento tradicional está previsto na Lei de Responsabilidade Fiscal e o orçamento-programa é desvinculado do planejamento.