O diagnóstico laboratorial durante a infecção aguda pelo vírus Zika se baseia na detecção do RNA viral pela reação em cadeia da polimerase, mediada por transcrição reversa (reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR) em soro ou sangue até sete dias após o início dos sintomas, ou em amostra de urina até 14 dias. Embora existam casos em que o RNA viral pode ser detectado por mais tempo, tanto no soro como na urina e no sêmen, essa possibilidade não colabora para o diagnóstico da fase aguda da doença.

Pela sobreposição de sintomas, em regiões de elevada prevalência das arboviroses, o diagnóstico diferencial da infecção pelo vírus Zika deve ser feito com todas as doenças exantemáticas, dentre elas chikungunya, dengue e sarampo.

Atualmente, não há tratamento específico para as infecções pelo vírus Zika.