Os peixes apresentam resposta hipotálamo-hipofisária-inter-renal praticamente idêntica à resposta hipotálamo-pituitário-adrenal de mamíferos, com produção de glicocorticoides em fatores ambientais, como: anestésicos, hora do dia, temperatura ambiente.

O aumento do pH da água promove a formação de NH3, elemento químico livremente difusível através das membranas biológicas, porém a amônia não ionizada é menos tóxica para os peixes na água doce que a forma ionizada, quando em excesso.

As reações químicas resultantes de estresse e dor, durante o abate, fazem com que os peixes entrem em estado de rigormortis muito rapidamente, com redução das reservas de glicogênio e ácido lático da musculatura dos peixes, com queda do pH da carne; e, desta forma acelerando a degradação do pescado, portanto, o estresse causado antes e durante o abate é inversamente proporcional ao tempo de prateleira do pescado.

O processo de captura dos peixes em um anzol, o manejo, expor ao ar e depois soltá-los aumenta tanto a frequência cardíaca quanto a produção de cortisol, com consequência da supressão do sistema imunológico, supressão dos níveis de estradiol, redução da capacidade reprodutiva e efeitos metabólitos severos.

O transporte de peixes vivos deve ser planejado para que o desconforto seja menor possível, porém o sistema fechado, o mais utilizado para o transporte de alevinos, causa acúmulo de metabólitos devido a alteração de pH da água, pelo aumento da concentração do CO2 e pela depleção dos níveis de oxigênio dissolvido na água.