A base do SNPCT é a atuação colaborativa, a participação social e em redes capilarizadas, a transparência e o diálogo institucional.

A criação do Sistema Nacional de Prevenção e Combate à Tortura é fruto de uma longa construção normativa no campo dos Direitos Humanos.

Existe uma hierarquia administrativa entre os membros do SNPCT, principalmente em relação ao Comitê Nacional para Prevenção e Controle da Tortura no Brasil (CNPCT) e ao Mecanismo Nacional de Prevenção e Combate à Tortura (MNPCT).

O artigo 1º da Lei 12.847/ 2013 instituiu o Sistema Nacional de Prevenção e Combate à Tortura.