Um dos conflitos existentes no agronegócio é com relação à atividade empresarial, trata-se do conflito entre patrões e empregados, que muitas vezes surge por estarem em posições opostas nas relações patronais.

Um conflito do agronegócio é o emprego de máquinas, implementos, equipamentos e ferramentas destinadas a facilitar a exploração da atividade produtiva no campo, aumentando a produtividade e a capacidade de exploração dos recursos.

Uma situação de conflito é com relação ao acesso ao capital financeiro, via financiamentos, principalmente na realidade econômica nacional, em que incertezas, altas taxas de juros e instabilidades institucionais são realidades.

Um conflito do agronegócio é o preço recebido pelos produtos, isso gera influência nos produtores, que apresentam dúvida quanto à decisão do que produzir e em qual quantidade produzir.