A amostragem de solo geralmente é feita em três profundidades: 0-10cm, de 10-20cm e de 20-30cm. Nos casos em que o agrotóxico com alto potencial de lixiviação aparecer deve-se fazer a amostragem numa profundidade de 50cm.

Não há a necessidade da amostra ser acondicionada em sacos plásticos em ambiente refrigerado pois artificializaria o ambiente onde normalmente a amostra de solo foi retirada.

Recomenda-se a coleta de, pelo menos, 2 kg de solo argiloso e 1 kg de solo arenoso. A quantidade maior de solo argiloso, fundamenta-se na possibilidade do mesmo reter maior quantidade de agrotóxico, o que exigiria número maior de extrações para se ter um extrato mais concentrado.

Em relação aos agrotóxicos, a amostragem de solo deve levar em consideração o conhecimento das características físico-químicas básicas de cada molécula, principalmente para se estabelecer em quais profundidades existe maior probabilidade de sua ocorrência.

Não há necessidade de se submeter o solo a diversas extrações para se ter uma concentração mínima detectável por cromatografia, pois os índices são facilmente determinados numa única amostragem.