A extração de RNA baseada em colunas de sílica é vantajosa especialmente quando têm-se pequenas quantidades de células ou tecidos, já que com este método é possível obter cerca de 90 vezes mais RNA do que os protocolos baseados em fenol-clorofórmio.

Antes de realizar a extração de RNA, deve-se observar que o armazenamento adequado das amostras também é de extrema importância.

A obtenção de RNA de alta qualidade depende do método ou kit de extração de RNA utilizado.

Independentemente da condição de armazenamento e do procedimento de extração de RNA utilizado, é necessário determinar não apenas a qualidade, mas também a quantidade de RNA antes das análises posteriores.

Embora a extração de RNA convencional com fenol-clorofórmio seja preferível a colunas à base de sílica, especialmente quando o custo é uma preocupação ou maior rendimento de RNA é desejado, ela pode resultar em contaminação significativa de RNA.