Não demanda um processo de familiarização com o sistema de notação, que é autoexplicativo e pode ser usado por qualquer um.

Não tem caracteres disponíveis para uso eletrônico, o que torna praticamente impossível digitar uma transcrição fonética.

Não pode ser lida por outras pessoas a não ser aquela que realizou a transcrição, porque só ela sabe o que está anotado.

Não tem uma forma preestabelecida, porque depende da maneira como um indivíduo pronunciou a sequência a ser transcrita.

É um processo muito demorado, que requer atenção à pronúncia dos indivíduos, por isso não é muito usada pelos linguistas.