Os microrganismos indicadores são grupos ou espécies de microrganismos que, ao serem identificados no alimento ou na água, fornecem informações sobre a contaminação de origem fecal e a causa de deterioração do alimento.

Não há critérios para definir o grupo ou a espécie do microrganismo indicador de contaminação do alimento.

Qualquer gênero de microrganismo pode ser utilizado como indicador, independente dos métodos de detecção.

Por muito tempo, foi determinado o uso da Salmonella como indicador de contaminação por agentes presentes em fezes.

A utilização das enterobactérias para a análise microbiológica do alimento não gera problemas, principalmente nas análises de vegetais.