Os exames de detecção do antígeno por enzima imunoensaio através do uso de fezes são bastante utilizados para diagnóstico.

Tanto cistos quanto trofozoítos da Entamoeba coli são facilmente detectados em amostras sólidas, podendo-se utilizar as amostras.

O melhor método para diferenciação da Entamoeba histolytica é a análise morfológica diferencial dos cistos, com atenção para a forma.

Os procedimentos de cultura são amplamente utilizados para diagnóstico e essenciais para determinar a patogenicidade do protozoário.