As principais alterações clínicas verificadas em um quadro de aflatoxicose são aquelas relativas principalmente ao comprometimento hepático; no entanto, as aflatoxinas podem também produzir imunossupressão.

Quando se constatar a presença da toxina no alimento que será destinado aos animais de criação, é necessário que se proceda ao aquecimento deste substrato em temperaturas elevadas, permitindo, assim, a morte do fungo e a eliminação da toxina produzida.

A pasteurização e a liofilização são importantes processos que permitem a eliminação da toxina no leite e em produtos lácteos, já que esta micotoxina é termolábil.

Os substratos de eleição para a colonização e produção de aflatoxinas são as forrageiras, como \text{Brachiaria decumbens} e \text{Panicum maximum}, em períodos de chuva, com temperatura ambiente acima de 25 \ ^{\circ}C e umidade elevada.

Alimentos estocados em locais onde há temperatura baixa (menor que 15 \ ^{\circ}C), umidade relativa do ar elevada e anaerobiose propiciam condições ideais para a proliferação do fungo e a produção de aflatoxinas.