Proteínas elicitoras são produzidas pelo ataque do patógeno e reconhecidas pelos receptores na planta. Esse reconhecimento é mediado por uma cascata de sinais que levam à resposta de defesa ou de suscetibilidade.

O processo de colonização das raízes envolve a habilidade do fungo em reconhecer, aderir, penetrar e suportar os metabólitos tóxicos produzidos pelas plantas em resposta à invasão.

A indução de resistência por Trichoderma age como SAR.

Em fungos do gênero Trichoderma, essa resistência tem sido associada à presença dos sistemas de transporte ABC.

A interação entre o isolado de Trichoderma e a planta desencadeia modificações massivas no transcriptoma e no metabolismo vegetal.