A gerência e a administração da Agência serão exercidas por uma Diretoria Colegiada, composta por até quatro membros, sendo um deles o seu Diretor-Presidente.

A exoneração imotivada de Diretor da Agência somente poderá ser promovida nos seis meses iniciais do mandato.

Até dois anos após deixar o cargo, é vedado ao ex-dirigente representar qualquer pessoa ou interesse perante a Agência.

O Diretor-Presidente da Agência será nomeado pelo Presidente da República, dentre os membros da Diretoria Colegiada, e investido na função por três anos, ou pelo prazo restante de seu mandato, admitida uma única recondução por três anos.

Aos dirigentes da Agência é vedado o exercício de qualquer outra atividade profissional que decorra de vínculo contratual mantido com entidades públicas destinadas ao ensino e à pesquisa, inclusive com as de direito privado a elas vinculadas.