Na aquisição dos alimentos, a EEx deve: receber documentos enviados pelo nutricionista; formular o projeto básico ou termo de definir a modalidade da compra; elaborar o edital e proceder à compra dos produtos alimentícios; receber, controlar a qualidade e distribuir os alimentos; liquidar a despesa e pagamento.

A compra de alimentícios com recursos do PNAE pode ser paga tanto em dinheiro quanto em cheque, não necessariamente nominativo ao credor.

Os recursos financeiros do PNAE são destinados exclusivamente para aquisição de gêneros alimentícios.

Se a previsão de uso dos recursos for inferior a um mês, a EEx é obrigada a aplicá-los no mercado.