A biogeografia trabalha na escala de tempo atual, enquanto a Ecologia trabalha com diversas escalas de tempo.

A biogeografia preocupa-se com a intervenção do homem sobre o meio, enquanto a Ecologia foca seus estudos nos problemas ocasionados pelo modo de vida moderno do homem e a consequência disso sobre a vida animal e vegetal.

A biogeografia estuda as geobiocenoses numa perspectiva horizontal, relacionada, além da distribuição, a estrutura e dinâmica dos componentes bióticos e abióticos que conformam as geobiocenoses. A Ecologia estuda os ecossistemas numa perspectiva vertical, relativo aos fluxos de energia e matéria.

A biogeografia preocupa-se com as trocas de matéria e energia entre o ser humano e o meio ambiente no tempo presente, enquanto a ecologia preocupa-se com a troca de energia entre a fauna e a flora no tempo passado.

A biogeografia faz usos de informações específicas da geografia, enquanto que a ecologia tem caráter mais multidisciplinar, trabalhando com conhecimentos adquiridos de várias disciplinas e ciências.