O diagnóstico de caso de hanseníase é essencialmente clinico e epidemiológico, realizado por meio da anamnese, exame geral e dermatoneurologico para identificar lesões ou áreas de pele com alteração de sensibilidade e/ou comprometimento de nervos periféricos, com alterações sensitivas e/ou motoras e/ou autonômicas.

A classificação operacional baseia-se no número de lesões cutâneas associado ao resultado do BAAR, sendo classificadas em paucibacilar ou multibacilar.

A Baciloscopia positiva sempre classifica o caso como multibacilar e baciloscopia negativa sempre classifica como paucibacilar.

Uma Baciloscopia negativa exclui o diagnóstico de hanseníase.

Pacientes com BAAR negativo, sem lesões de pele e com 2 ou mais lesões neurais documentadas não fecha o diagnóstico de Hansen, pois para firmar o diagnóstico de as lesões de pele precisam estar presentes.