A pepsina hidrolisa as proteínas ingeridas nas ligações peptídicas nas regiões aminoterminal dos aminoácidos aromáticos (Phe, Trp e Tyr), ligando os peptídeos.

A digestão das proteínas inicia-se no estômago, que estimula a secreção do hormônio pepsina pela mucosa gástrica.

Todas as enzimas envolvidas no processo degradam as proteínas em aminoácidos livres, di e tripeptídeos, que serão liberados no sangue.

A grande vantagem do transporte dos aminoácidos através das membranas celulares dos tecidos é que se trata de um transporte passivo, ou seja, sem gasto energético.

O hormônio secretina estimula o pâncreas a liberar bicarbonato no intestino delgado. Esta substância tem a função de reduzir o pH do suco gástrico.