A IN51 visava ao incremento da qualidade do produto, sobretudo quanto aos aspectos higiênico-sanitários das instalações rurais, processo de ordenha, sanidade do rebanho, qualidade da água, entre outros.

Devido às dificuldades encontradas pelos produtores para o atendimento da IN51, em 29 de dezembro de 2011, foi publicada a Instrução normativa 62.

A IN51 estabeleceu parâmetros para a presença de parasitas e mastite, o controle rigoroso da brucelose e tuberculose, além de passar a ser obrigatória a realização de análises de constatação de resíduos inibidores e antibióticos no leite.

A IN51 tinha como um dos objetivos a redução dos custos de captação do leite por meio da coleta e do transporte a granel (caminhões tanques).

Quanto à qualidade do leite, a IN51 exigiu que os limites máximos de Contagem de Células Somáticas fossem de 1 mil por mililitro e a Contagem Bacteriana Total nula.