O uso correto da PCR requer cuidados para evitar a desnaturação do DNA na etapa em que as fitas são separadas.

Uma das limitações da PCR é a impossibilidade de se amplificar diferentes sequências simultaneamente.

Amplificação de conjuntos de repetições em tandem curtas (short tandem repeats) facilita a identificação de indivíduos.

Ao se planejar um experimento para identificação de indivíduos, deve-se ter o cuidado de escolher sondas para qPCR em regiões que não contenham mutações.

A RT-qPCR permite a amplificação por meio da adição de aminoácidos a novas fitas de polímero sintetizadas.