Os recursos do FNDE são repassados diretamente tanto para as escolas públicas que possuem Unidade Executora Própria (UEx) quanto para as que não possuem e, também, para os polos de apoio presencial da UAB. Esses recursos são creditados na conta bancária que essas unidades beneficiárias já possuem e onde movimentam recursos de outras fontes.

O FNDE repassa dinheiro para a Unidade Executora Própria da unidade de ensino beneficiária (escola pública que possui UEx). No caso de não possuir UEx, os recursos das escolas com até 50 alunos são repassados para as (EEx): prefeituras, secretarias estaduais e distrital de educação.

O FNDE repassa dinheiro diretamente para as prefeituras, secretarias estaduais e distrital de educação, independentemente da categoria da unidade beneficiária (escolas públicas de educação básica e escolas privadas de educação especial mantidas por entidades sem fins lucrativos, além de polos presenciais do sistema UAB).

O repasse de recursos do FNDE é feito diretamente para as unidades executoras (UEx, EEx e EM), portanto, não há necessidade de essas unidades atualizarem os dados cadastrais para essa finalidade, visto que a situação regular com a prestação de contas não é uma condição para o repasse dos recursos.