Seu uso contraindicado em pacientes graves, em situações específicas como tratamento da febre tifoide aguda (Salmonella typhi) e como alternativa no tratamento da meningite bacteriana.

O reconhecimento de efeitos tóxicos como a síndrome do bebê cinzento e anemia aplásica, e o desenvolvimento de novas drogas mais efetivas e menos tóxicas, restringiu seu uso somente aos pró-fármacos do cloranfenicol.

O reconhecimento de efeitos tóxicos, como a síndrome do bebê cinzento e anemia aplásica, e o desenvolvimento de novas drogas mais efetivas e menos tóxicas, restringiu muito o seu uso.

O uso de cloranfenicol e seus pró-fármacos são indicados para o tratamento da anemia aplásica e como alternativa no tratamento da meningite bacteriana.