Os esgotos domésticos provocam dois tipos de contaminação das águas: a contaminação por bactérias: principalmente por coliformes presentes nas fezes humanas e a contaminação por substâncias orgânicas recalcitrantes, ou de difícil degradação.

As atividades agrícolas têm contribuído para a difusão de práticas agrícolas responsáveis pelo agravamento da poluição das águas continentais por duas causas principais: o uso de agrotóxicos e o uso de fertilizantes sintéticos.

Entre os principais poluentes inorgânicos de origem industrial estão os compostos fenólicos, provenientes de indústrias químicas e farmacêuticas e dos esgotos hospitalares que, mesmo em baixas concentrações, alteram a potabilidade da água e o sabor dos peixes contaminados.

Os produtos organoclorados presentes em alguns tipos de agrotóxicos, mesmo quando em baixas concentrações, são poluentes perigosos pela sua difícil degradação podendo causar a contaminação cumulativa e a bioacumulação, que pode atingir as cadeias alimentares inteiras a partir de pequenas concentrações tóxicas.