Uma das diretrizes do PNEPS é implementar a Educação Popular em Saúde no âmbito do SUS, contribuindo com a participação popular, com a gestão participativa, com o controle social, o cuidado, a formação e as práticas educativas em saúde.

São diretrizes do PNEPS a participação, controle social e gestão participativa e a formação, comunicação e produção de conhecimento.

Faz parte das diretrizes do PNEPS o cuidado em saúde e intersetorialidade e diálogos multiculturais.

Algumas das diretrizes do PNEPS são o diálogo, a amorosidade, a problematização e a construção compartilhada do conhecimento.

Apoiar a sistematização, a produção de conhecimentos e o compartilhamento das experiências originárias do saber, da cultura e das tradições populares que atuam na dimensão do cuidado, da formação e da participação popular em saúde e contribuir com a implementação de estratégias e ações de comunicação e de informação em saúde identificadas com a realidade, linguagens e culturas populares são algumas das diretrizes da PNEPS.