Na migração do DNA em um gel de agarose, sendo o DNA negativamente carregado, ele é atraído pelo eletrodo negativo;

As moléculas são separadas de acordo com o seu tamanho, as de menor massa situam-se na porção superior do gel e as de maior massa na porção inferior;

Após a eletroforese em gel, os fragmentos de DNA normalmente são corados com brometo de etídeo, que possui afinidade pelo DNA e fluoresce (torna-se visível) vivamente em contato com a luz infra-vermelha.