A amígdala cerebral trata-se de uma região heterogênea e complexa, formada por sub-regiões com diferentes conexões e características estruturais.

Há unanimidade quanto ao modo como a amígdala cerebral pode ser subdividida, mas admite-se que uma das suas partes, a centromedial, é mais primitiva e se liga ao sistema digestório.

A amígdala cerebral é uma região de substância branca situada posterior ao lobo temporal, à frente e acima do hipocampo.

Por tradição o córtex é descrito com a forma de uma amêndoa, donde deriva seu nome.

A amígdala cerebral é uma região de substância branca situada posterior ao lobo externo embaixo do hipocampo.