Em estado de repouso ou de homeostasia corporal, o perfil dos leucócitos nesses locais é anti-inflamatório, pelo que os sinais da microbiota são sempre inibitórios para o sistema imune

O GALT é influenciado pelos microrganismos comensais de maneira ativa mas não passiva, pelo que somente microrganismos inteiros tem efeitos no sistema imune

Comparativamente com a pele, a lâmina própria intestinal apresenta muito mais contato com antígenos de microrganismos mas menor quantidade de linfócitos T de memória

O GALT apresenta principalmente um sítio com abundantes células derivadas do progenitor mieloide e relativamente poucas células derivadas do progenitor linfoide