O objetivo da auditoria ambiental, conforme a Resolução do CONAMA número 381, de 2006, deve conter um mínimo de conteúdo para ter a legitimidade que as normas de certificação impõem. Possui como característica a isonomia e independência dos profissionais que executam a auditoria na empresa, sendo rigorosamente analisados os itens de cada setor da empresa com a verificação de eventuais ocorrências de desacordo com as normas pré-estabelecidas no processo de certificação. Os principais objetivos conforme a cita resolução são