No método de Gram, as bactérias Gram-negativas retêm o complexo cristal-violeta lugol após a lavagem com álcool.

Para visualização em microscópio óptico de esfregaço bacteriano fixado e corado, a melhor objetiva é a lente de imersão, que amplia 100X.

Os métodos de coloração simples utilizam um tipo de corante e tem como principal objetivo corar as bactérias para avaliação morfológica.

Os métodos de coloração composto ou diferencial utilizam mais de um tipo de corante. A coloração de Gram é um exemplo clássico.

Existem colorações especiais que visam identificar partes específicas dos micro-organismos, como esporos, flagelos e cápsulas.