A capacidade de crescimento e de sobrevivência dos microrganismos patogênicos nos alimentos depende não só das características físicas e nutricionais do alimento, como também de um conjunto de fatores extrínsecos ao próprio alimento, tais como: temperatura, pH, atividade da água e potencial redox.

A maioria dos micro-organismos, cuja patogenicidade no homem depende da sua presença, sob a forma viável, nos alimentos, são relativamente sensíveis às altas temperaturas e, por isso, são perfeitamente destruídos pela cozedura adequada dos alimentos, ou pelos processos de pasteurização e esterilização.

A temperatura influencia de forma decisiva o crescimento microbiano nos alimentos. Na conservação de alimentos, a temperaturas de refrigeração é suficiente para inibir o crescimento de algumas espécies causadoras de infecções alimentares, como o Clostridium perfringens e Bacillus cereus.

Micotoxinas são toxinas produzidas por algumas espécies de bactérias, sendo as mais tóxicas as aflatoxinas, que podem contaminar alimentos como: milho, arroz, feijão e amendoim.

Doenças de origem alimentar podem ser provocadas por diversos grupos de microrganismos, incluindo bactérias, bolores, protozoários e vírus. As bactérias e os vírus pela sua diversidade e patogenia, constituem o grupo microbiano mais importante e associado às doenças transmitidas pelos alimentos.