O Programa Saúde na Escola (PSE), instituído pelo Decreto n. 6.286, de 5 de dezembro de 2007, também está previsto na Portaria n. 2.488/2011. Trata-se de uma iniciativa intersetorial entre os Ministérios da Saúde e da Educação, com o objetivo de realizar a atenção integral (promoção, prevenção, diagnóstico e recuperação da saúde e formação) à saúde de crianças, adolescentes e jovens do ensino público básico, no âmbito das escolas e unidades básicas de saúde. O PSE é realizado por meio de ações de:

I. Avaliações clínica e psicossocial que objetivam identificar necessidades de saúde e garantir a atenção integral a elas na rede de atenção à saúde.

II. Promoção e prevenção que articulem práticas de formação, educativas e de saúde visando à promoção da alimentação saudável, à promoção de práticas corporais e atividades físicas nas escolas, à educação para a saúde sexual e reprodutiva, à prevenção ao uso de álcool, tabaco e outras drogas; à promoção da cultura de paz e prevenção das violências, à promoção da saúde ambiental e ao desenvolvimento sustentável.