A PNSPDS não estabelece diretrizes específicas para o sistema prisional.

As diretrizes estabelecidas pela PNSPDS para o sistema prisional incluem a capacitação técnica dos agentes públicos, a manutenção de unidades prisionais com boa estrutura, o tratamento digno aos presos, a asseguração de direitos e garantias dos presos e de seus familiares, e a promoção do convívio familiar.

As diretrizes estabelecidas pela PNSPDS para o sistema prisional incluem a redução do encarceramento, a implantação de audiências de custódia e de equipamentos voltados à promoção e ampliação das práticas de mediação e justiça restaurativa, e a promoção do convívio familiar.