A Sagrada Companhia de Jesus teve papel significativo entre as ordens religiosas que se instalaram na colônia. A primeira missão jesuítica teve à frente o padre Manuel da Nóbrega, na Bahia.

Os jesuítas tiveram papel de destaque para a pacificação dos tupinambás que se rebelavam contra a presença portuguesa.

Os jesuítas entendiam que as nações indígenas deveriam ser dizimadas, pois não compreendiam os dogmas cristãos.

O fundador da Companhia de Jesus foi um soldado espanhol, Inácio de Loyola.