Sobre a Igreja na colônia, podemos afirmar que:

1. Ela atuou também através do Santo Ofício da Inquisição, que tinha um tribunal permanentemente no Brasil.
2. As visitas do Santo Ofício desejavam descobrir e punir os considerados hereges.
3. Os cristãos novos eram as pessoas que mais denunciavam os hereges na colônia.
4. Os blasfemadores eram denunciados, porém, quase sempre eram absolvidos pela Inquisição.