Não é novidade que o ensino em saúde carrega consigo várias marcas do flexnerianismo. Entre elas, podem-se considerar alguns problemas pedagógicos, como a compartimentalização do ensino, o método didático baseado na transmissão vertical do conhecimento e a especialização precoce. Um resultado indesejado da falta de capacitação didática pode ser a ausência de debates, interesse ou consenso para a construção de um projeto político-pedagógico claro, o que favorece (e reforça) o acúmulo de contradições entre o ensino ideal e o real, como:

• I. A existência de grades curriculares baseadas em disciplinas como créditos a serem somados e desvinculados entre si.
• II. Os sistemas de avaliação com base na memorização (sem que se avaliem habilidades técnico-práticas ou de relação profissional-paciente).
• III. A inexistência de bons textos didáticos em algumas áreas, apesar da proliferação de vários artigos mais complexos e específicos sobre o mesmo assunto.
• IV. A valorização do ensino passivo, com base na transmissão do saber professor-estudante, e não na construção do conhecimento com o próprio estudante como protagonista.