O FNDE institui as regras para a execução dos recursos, que deverão ser seguidas pelas UEx, EEx e EM, como, por exemplo: a escolha das prioridades, a aquisição dos bens e contratação de serviços, a execução da pesquisa de preços, o requerimento de documentos comprobatórios de despesas (notas fiscais, recibos, etc.) e a elaboração e apresentação dessa prestação de contas à comunidade escolar, etc.

Em termos objetivos, quando a escola recebe os recursos financeiros do PDDE, os gestores devem apresentar a prestação de contas às comunidades escolar e local para apreciação, favorecendo a atuação do controle social. Somente após a apreciação é que a prestação de contas deve ser enviada à Prefeitura, para a devida consolidação, e, em momento posterior, enviada ao FNDE.

A Unidade Executora Própria (UEx) institui as regras para a execução dos recursos, como: a escolha das prioridades, a aquisição dos bens e contratação de serviços, a execução da pesquisa de preços, o requerimento de documentos comprobatórios de despesas (notas fiscais, recibos, etc.) e a elaboração e apresentação dessa prestação de contas à comunidade escolar, etc.

Controle social: na impossibilidade de exercer seu direito, o gestor pode e deve recorrer ao controle externo para garantir o direito da comunidade que representa. O controle externo é constituído por órgãos do Legislativo, tribunais de contas e conselhos responsáveis pelo controle social. O interno é constituído pela Controladoria Geral da União e pelas auditorias internas dos órgãos.