A única diferença que os transistores bipolares NPN e PNP têm é o fato de os materiais das pastilhas semicondutoras serem o oposto do outro. Em função disso, em um circuito eletrônico, esses não podem ser substituídos por outros.

A diferença é que eles têm características elétricas diferentes; a tensão VBE do transistor NPN é em torno de 0,7 V; no entanto, os transistores PNP têm essa mesma tensão superior a 1 V, por exemplo.

A estrutura física de ambos é a mesma; o que altera de um para o outro é o tamanho de suas regiões. A região da base de um transistor NPN é mais estreita que a de um transistor PNP, por exemplo.

A estrutura física de ambos é a mesma; o que altera de um para o outro é o nível de dopagem das regiões. A região do coletor de um transistor NPN tem uma dopagem forte, enquanto que esta dopagem em um transistor PNP é mais fraca nessa região, por exemplo.

Transistores NPN e PNP têm estruturas físicas semelhantes, porém com polaridade invertida dos seus materiais. Em função dessa similaridade, é possível, quando necessário, trocar em um circuito um transistor pelo outro.