Em todos os casos, a criança com TEA irá apresentar sintomas que necessitam de tratamento com psicofármacos. O uso da melatonina tem sido associado a melhorar o sono das crianças que possuem dificuldade nesse aspecto, o que tem acarretado em melhoras no comportamento diurno.

O uso da ocitocina mostrou uma importante ação para pacientes com epilepsia, porém os estudos ainda não são randomizados em grande escala em longo prazo.

Os remédios que podem ser usados para tratar essas comorbidades são apenas os antiepiléticos e estabilizadores de humor.

Os antipsicóticos risperidona e aripiprazol mostraram-se eficazes na redução de alguns comportamentos como a automutilação e a agressão, sintomas que podem interferir drasticamente na aprendizagem de outras habilidades.

Os estudos mais atuais indicam como proposta terapêutica o uso de esteroides, os dados são cientificamente comprovados e já foram randomizados em grande escala.